RAM - Resistência Antimicrobiana

Sobre o Projeto

Coordenadora

Prof. Dra. Vania Aparecida Vicente

Universidade Federal do Paraná (UFPR)

Linha Temática

VI. Redes de pesquisa para identificação, monitoramento e sequenciamento genético de cepas resistentes em todo o território nacional

Descrição

Este projeto estabelece uma rede para monitoramento e detecção de padrões de resistência antimicrobiana (RAM) em agentes causadores de doenças infecto-parasitárias, preservados em repositórios de coleções de referência e em amostras ambientais de vários biomas brasileiros. Utiliza abordagem metagenômica e sequenciamento NGS, visando o desenvolvimento de um painel amplamente acessível, com aplicação de notificação da circulação de genes e espécies RAM em macrorregiões brasileiras.

Objetivos

Objetivo Geral

Estabelecer uma rede para monitoramento e detecção de padrões de resistência antimicrobiana (RAM) em agentes causadores de doenças infecto-parasitárias, preservados em repositórios de coleções de referência e em amostras ambientais de vários biomas brasileiros, através de abordagem metagenômica e sequenciamento NGS, visando o desenvolvimento de um painel amplamente acessível, com aplicação de notificação da circulação de genes e espécies RAM em macrorregiões brasileiras.

Objetivos Específicos

Elucidar por meio de marcadores fenotípicos e moleculares o perfil de resistência de cepas clínicas e ambientais depositadas em diferentes repositórios de coleções de referência e de trabalho de instituições públicas e hospitais e laboratórios privados, localizados em diferentes macrorregiões brasileiras.
Sequenciar o genoma completo de cepas com perfil de resistência de fungos, bactérias e protozoários, visando a criação de bancos de dados de espécies e genes resistentes.
Construir bibliotecas fosmídicas e realizar triagem funcional para elucidação de novos alvos em cepas resistentes.
Estabelecer uma linha temporal da RAM em fungos, bactérias e parasitas com base no histórico de depósitos em repositórios.
Realizar análises metagenômicas e bioprospecção de amostras ambientais, água de hemodiálise e resíduos biológicos de descarte hospitalar, visando o rastreamento ambiental de espécies e genes RAM por abordagens metagenômicas específicas de alvo e totais.

Comparar dados metagenômicos (específico de alvo, biblioteca total e biblioteca fosmídica) de ambientes conservados (biomas Amazônia, Cerrado, Mata Atlântica, Pantanal) e antropizados (regiões agrícolas e áreas desmatadas) e dos repositórios avaliados e construir novos barcodes.
Realizar busca in silico de espécies e genes resistentes em bancos metagenômicos de solos cultivados e não cultivados e ecossistemas diversificados, incluindo bancos de microbioma intestinal humano previamente desenvolvidos por membros colaboradores do projeto.
Correlacionar dados de RAM de diferentes abordagens visando rastrear a ocorrência de RAM cruzada em ambientes clínicos e ambientais.
Selecionar possíveis genes de RAM como candidatos a novos marcadores por meio de técnicas emergentes de inteligência artificial em bioinformática.
Criar um painel de registro de dados em tempo real baseado na prospecção de cepas RAM e genes de resistência visando alimentar e expandir os sistemas de notificação existentes.

Equipe Executora

Gestores - Grupos Focais Nacionais

Prof. V. A. Vicente

UFPR-CMRP/Taxonline UFPR/PR

Prof. Terezinha I. E. Svidzinski

CMRP/Taxonline-UEM/PR

Prof. Juliana V. M. Bittencourt

CMRP/Taxonline-UTFPR/PR

Prof. A.B. J. Matsuura

Fiocruz Amazônia AM

Prof. Marcia S. C. Melhem

UFMS - MS

Prof. Emanuel M. de Souza

UFPR - PR

Prof. Cristina M. S. Motta

URM-UFPE - PE

Prof. Conceição M. P. S. de Azevedo

UFMA - MA

Prof. Líbera M. Dalla Costa

IPP-PR

Prof. Arnaldo L. Colombo

UNIFESP - SP

Dra. M. Glória S. Stafocker

MT-USP/SP

Prof. Flávio Queiroz-Telles

CHC-UFPR - PR

Prof. Rafaella C. B. Santos

UNILA - PR

Prof. Keite Nogueira

CHC-UFPR - PR

Prof. Vanete Thomaz-Soccol

UFPR / PR - Coleção Parasitológica

Parceria Internacional

Prof. Sybren de Hoog

Universidade Radboud, Países Baixos

Prof. Eelco Meijer

CWZ/RadboudUMC Netherlands

Prof. Amir Seyedmousavi

NIH USA

Prof. Nina Gunde-Cimerman

Universidade de Ljubljana, Eslovênia

Prof. Laura Selbmann

Universidade de Tuscia, Itália

Prof. Yinggai Song

Universidade de Pequim, China

Resumo de Resultados

Monitoramento em Biomas Brasileiros

Análise de amostras ambientais de diferentes biomas: Amazônia, Zona de Transição, Caatinga, Mata Atlântica, Pantanal e Cerrado.

Cavernas
Manguezais
Solos de áreas preservadas, agrícolas e urbanas
Água de rios e hemodiálise
Resíduos biológicos hospitalares

Cepas Avaliadas

Fungos

Candida
Aspergillus
Fusarium

Dermatófitos

Leveduras Pretas e Raras

Sporothrix
Cryptococcus

Bactérias

ESKAPEE
Enterococcus
Staphylococcus
Klebsiella
Acinetobacter
Pseudomonas
Enterobacter
Mycobacterium

Metodologias Aplicadas

Sequenciamento NGS: Análise genômica completa de cepas resistentes
Metagenômica: Prospecção ambiental de espécies e genes RAM
Inteligência Artificial: Identificação de novos marcadores e padrões biológicos
Bibliotecas Fosmídicas: Triagem funcional para elucidação de novos alvos
Análise EUCAST: Avaliação da suscetibilidade antimicrobiana

Estatísticas do Projeto

167

Metagenomas em Andamento

173+

Isolados de Aspergillus

3.349

Genes RAM Catalogados

826.520

Sequências de Aminoácidos

Monitoramento e Detecção de Padrões de Resistência Antimicrobiana